При Конференції єпископів України діють такі комісії:
- комісія у справах Віровчення – єпископ Микола Лучок ОР (від 17 III 2023)
- катехетична комісія – єпископ Леон Дубравський (від 5 XI 2003)
- комісія у справах кліру – єпископ Павло Гончарук (від 17 IIІ 2023)
- комісія у справах літургії та сакрального мистецтва – єпископ Яцек Пиль ОМІ (від 15 XI 2013), єпископ Станіслав Широкорадюк OFM (від 15 XI 2013)
- комісія душпастирства родин – єпископ Радослав Змітрович ОМІ (від 15 XI 2013; від 1 XII 2018 також служить асистентом руху «Світло-Життя»)
- комісія загального душпастирства – архієпископ Мечислав Мокшицький (від 17 ІІI 2023)
- комісія у справах чоловічих орденів та згромаджень – єпископ Едвард Кава OFMConv (від 1 XII 2017)
- комісія у справах жіночих орденів та згромаджень – єпископ Едвард Кава OFMConv (від 1 XII 2018)
- комісія душпастирства молоді та покликань – єпископ Ян Собіло (від 1 XII 2018)
- комісія «Церква-Держава» – єпископ Віталій Кривицький SDB (від 1 XII 2017)
- комісія «Карітас-Спес» – єпископ Олександр Язловецький (від 17 ІІІ 2023)
- екуменічна комісія – єпископ Віталій Кривицький SDB (від 1 XII 2018)
- комісія у справах інтегрального розвитку людини – єпископ Леон Малий (від 1 XII 2018)
- комісія у справах засобів суспільної комунікації – єпископ Микола Лучок ОР (від 17 ІII 2023)
- комісія військового душпастирства – єпископ Павло Гончарук (від 17 ІII 2023)
- комісія екології та туризму – єпископ Станіслав Широкорадюк OFM (від 17 ІІІ 2023)
- комісія церковного права – єпископ Олександр Язловецький (від 17 ІІІ 2023)
- комісія церковних рухів та спільнот – єпископ Радослав Змітрович ОМІ (від 17 ІІІ 2023)
Президент «Карітас-Спес» – єпископ Олександр Язловецький (від 15 XII 2022)
Речник КЄУ – єпископ Едвард Кава OFMConv (від 17 ІІI 2023)
Віцеречник – о. Олександр Зелінський ОМІ (від 1 XII 20018)