При Конференції єпископів України діють такі комісії:
- Комісія у справах Віровчення – єпископ Микола Лучок ОР (від 17 III 2023)
- Катехитична комісія – єпископ Едуард Кава OFMConv (від 29 XI 2025)
- Комісія у справах кліру – єпископ Павло Гончарук (від 17 IIІ 2023)
- Комісія у справах літургії та сакрального мистецтва – єпископ Яцек Пиль ОМІ (від 15 XI 2013), єпископ Станіслав Широкорадюк OFM (від 15 XI 2013)
- Комісія душпастирства родин – єпископ Радослав Змітрович ОМІ (від 15 XI 2013; від 1 XII 2018 також служить асистентом руху «Світло-Життя»)
- Комісія загального душпастирства – архієпископ Мечислав Мокшицький (від 17 ІІI 2023)
- Комісія у справах чоловічих орденів та згромаджень – єпископ Радослав Змітрович ОМІ (від 29 XI 2025)
- Комісія у справах жіночих орденів та згромаджень – єпископ Радослав Змітрович ОМІ (від 29 XI 2025)
- Комісія у справах душпастирства молоді – єпископ Ян Собіло (від 1 XII 2018)
- Комісія зовнішніх зв’язків – єпископ Віталій Кривицький SDB (від 1 XII 2017)
- Релігійна місія «Карітас-Спес» – єпископ Олександр Язловецький (від 16 ХІІ 2022)
- Комісія у справах екуменізму та міжрелігійного діалогу – єпископ Віталій Кривицький SDB (від 1 XII 2018)
- Комісія у справах інтегрального розвитку людини – єпископ Леон Малий (від 1 XII 2018)
- Комісія у справах засобів суспільної комунікації – єпископ Микола Лучок ОР (від 17 ІII 2023)
- Комісія військового душпастирства – єпископ Павло Гончарук (від 17 ІII 2023)
- Комісія екології та туризму – єпископ Станіслав Широкорадюк OFM (від 17 ІІІ 2023)
- Комісія церковного права – єпископ Олександр Язловецький (від 17 ІІІ 2023)
- Комісія церковних рухів та спільнот – єпископ Радослав Змітрович ОМІ (від 17 ІІІ 2023)
Речник КЄУ – єпископ Едуард Кава OFMConv (від 17 ІІI 2023)